Per quanto concerne l’interno, bisogna ricordare i molteplici stravolgimenti architettonici che la chiesa ha subito nel corso dei secoli:

quello principale ha visto il passaggio dalla pianta a croce greca a quella a croce latina, con l’aggiunta delle navate laterali (1588);

l’originaria abside semicircolare venne sostituita nel XVII secolo con una di forma quadrata, opera di Paolo Amato;

mentre l’intera struttura subì gli influssi del periodo barocco del XIX secolo.

Il contrasto con l’esterno è molto forte:

all’apparente semplicità della facciata si contrappone lo sfarzo e lo scintillio interno delle arcate e del soffitto:

questi ultimi interamente rivestiti da splendidi mosaici di scuola arabo-normanna.

Questo tema decorativo è formato da tasselli d’oro, risalenti al 1150 circa, che si estendono, soprattutto, lungo la parte superiore della chiesa:

le arcate, la cupola, le absidi e le pareti laterali rappresentano, in questo modo, personaggi illustri ed episodi tratti dalla Bibbia.

Troviamo l’Incoronazione di Ruggero II consacrata da Cristo e l’immagine del Cristo Pantocratore.

Tutto intorno sono presenti quattro figure che rappresentano gli arcangeli, oltre i patriarchi, gli evangelisti e tutti gli apostoli.

All’interno della chiesa sono, poi, presenti elementi marcatamente atipici:

come una incisione in arabo lungo tutta la parte emisferica della cupola recante un significato cristiano.

Ancora, i mosaici che raffigurano l’Ammiraglio Giorgio Antiocheno ai piedi di Maria, che rappresenta la benedizione ricevuta dalla Vergine Maria.

Interventi barocchi sono stati effettuati tra il 1870 e il 1873 da Giuseppe Patricolo:

l’interno della chiesa è stata svecchiata tramite la rimozione dei rivestimenti marmorei delle pareti risalenti al Settecento.